国保組合の事業運営のための機関として組合会、理事会、監事会（監査）があります。
組合会は組合の意思決定の最高機関で、組合の規約の改定、事業計画及び歳入歳出予算の議決、事業報告及び歳入歳出決算の認定、財産などの重要事項に関することを議決する機関です。
各支部から選出された32名の組合会議員により構成されています。
理事会は組合会において決定した事項及び諸般の事項を決定し執行する機関です。
組合会において選出された理事17名、監事3名により構成されています。
理事長・副理事長・常務理事は理事の互選により選出され、各理事はそれぞれの職務を分担し、組合業務の運営執行に当たります。（任期は2年です。）
組合業務の執行に関する書類及び帳簿の監査、財産の管理状況、会計経理関係の出納について監査する機関です。
国保組合は公法人であり、国民健康保険法にもとづき国に代わって国保事業を運営管理する団体です。従って常に国（厚生労働省）・都道府県の指導監督を受けています。
組合会で議決されるような重要な事項は議決後、都道府県知事に認可の申請を行い、認可されてから執行します。
